El Rector es la principal autoridad académica y administrativa de la Universidad de Puerto Rico en Cayey. Es nominado por el Presidente de la Universidad, previa consulta a la comunidad universitaria a través del Senado Académico, y confirmado por la Junta de Gobierno.
Sus atribuciones y responsabilidades específicas están delineadas por ley y reglamento: en el Artículo 7 de la Ley Universitaria, en la Secciones 19.3 del Reglamento General de la Universidad de Puerto Rico, y en la Sección 7.1 del Reglamento de la Facultad de la Universidad de Puerto Rico en Cayey.